Les infections du système nerveux central (SNC) entraînent une mortalité et une morbidité notables, facteurs de séquelles à long terme. Dans ce contexte, une antibiothérapie à large spectre est recommandée en attendant le résultat de l’identification du germe. Or l’allongement du temps de diagnostic, l’absence d’identification biologique, la distinction difficile entre méningite bactérienne partiellement traitée et méningite virale peuvent conduire à une antibiothérapie prolongée inutile.

 

Une équipe australienne a testé l’intérêt d’une PCR multiplex qualitative (Meningitis Encephalitis Panel ®, BioFire Diagnostics, Salt Lake City) qui peut identifier 6 bactéries (E. coli K1, Haemophilus influenzae [HI], Listeria monocytogenes, Neisseria meningitidis, Streptococcus agalactiae, Streptococcus pneumoniae [SP], 7 virus (cytomégalovirus [CMV], Entérovirus (EV), virus Herpès [HSV 1,2], Herpès virus humain 6 [HVH-6], Paréchovirus [HPeV], varicelle/zoster [VZ] et un agent fongique (Cryptococcus). Une étude a été réalisée sur 30 mois, comprenant une partie rétrospective de 15 mois avant l’introduction de la PCR multiplex et une autre prospective de 15 mois, à partir de la possibilité d’utiliser de ce nouveau test. Les patients inclus, âgés de 0 à 16 ans, devaient avoir une ponction lombaire (PL) pour suspicion d’infection du SNC. Pendant toute la durée de l’étude, 251 enfants ont subi une PL parmi lesquels 65 (26 %) avaient une infection du SNC (certaine pour 58, et suspectée pour 7).

 

Dans la partie rétrospective, sur 128 enfants, 36 (28 %) avaient une infection (32 confirmées, 4 suspectées) parmi lesquels 28/36 (78 %) étaient âgés de moins de 3 mois. Les virus identifiés ont été : EV (22/36, 61 %), HPeV (3/36, 8 %), flavivirus, VZ, CMV (un chacun). Il y a eu 4 cas de méningite bactérienne (2 HI, 1 SP, 1 Acinetobacter) et un cas d’infection à Cryptococcus.

 

Dans la partie prospective, 29 enfants sur 123 (24 %) avaient une infection du SNC (26 confirmées, 3 suspectées), 83 % ayant moins de 3 mois. Une analyse multiplex du LCR a été faite chez 55 enfants (45 %) incluant 26 patients ayant eu une infection confirmée et 29 finalement diagnostiqués comme non infectés. L’analyse multiplex a identifié 20 fois un pathogène (EV=14, HPeV=4, HVH6=1 et cryptococcus=1), mais aucune bactérie (alors qu’une méningite a entérobactérie a été identifiée une fois par RNA-PCR).

 

Au total, l’analyse multiplex, par comparaison avec les résultats de la culture ou ceux d’un laboratoire de référence, a montré une sensibilité de 94 % et une spécificité de 90 % pour la détection des virus. Après l’introduction de la PCR multiplex, le temps médian d’identification des micro-organismes a été réduit de 6 à 2 jours (p<0,001), la durée médiane du traitement antibiotique de 3 à 2 jours (p<0,001) et d’hospitalisation de 5 à 3 jours (p=0,016).

 

En conclusion, le test multiplex est un outil diagnostique supplémentaire d’identification rapide des micro-organismes, permettant de raccourcir le traitement antibiotique et la durée d’hospitalisation. Ce test paraît avoir le plus d’intérêt pour les hôpitaux qui n’ont pas d’accès direct à un laboratoire de biologie moléculaire, comme c’était le cas dans cette étude.

Ref : O’Brien MP et coll. : Impact of cerebrospinal fluid multiplex assay on diagnosis and outcomes of central nervous system infections in children. A before and after cohort study. Pediatr Infect Dis J 2018 ; 37 : 868-871.

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