La méthode actuelle pour évaluer l’antibiorésistance impose la mise en culture de la ou des bactéries incriminées et ensuite la détermination d'une inhibition de croissance par des antibiotiques à des concentrations définies. Elle demande au minimum 2 jours. En situation d’urgence, ce délai peut s’avérer bien trop long dans certains cas (choc septique, méningites...). Une équipe de l’INRIA (Institut national de recherche en sciences et technologies du numérique) travaille à mettre au point une technique permettant de le raccourcir à quelques heures, voire quelques minutes.
Elle part du principe que l’antibiorésistance s’accompagne de modifications du génome bactérien. Logiquement, ce constat implique le séquençage de ce génome à la recherche des mutations en cause. Mais là encore, les délais d’obtention d’un résultat sont longs. À l’école de médecine de Harvard (États-Unis), un chercheur en bio-informatique a initié une nouvelle technique qu’il développe actuellement au sein du Centre Inria de l’Université de Rennes. Elle consiste à comparer les fragments d’ADN bactérien obtenus par séquençage avec ceux d’une banque de données d’ADN bactériens correspondant à des bactéries connues pour être sensibles ou résistantes aux antibiotiques. L’hypothèse de départ est que plus les séquences d’ADN de la bactérie testée sont proches de ceux de bactéries résistantes aux antibiotiques, plus les risques sont élevés que cette bactérie soit elle aussi résistante (et inversement).
Cette méthode dite de typage de voisin génomique (Genomic Neighbor Typing) a 2 avantages. Premièrement, elle ne nécessite aucune information sur le fonctionnement biologique, complexe, de la bactérie testée. Deuxièmement, le résultat peut être obtenu à partir d’une très petite quantité de données extraite de la souche isolée. Ainsi, une fois le séquençage commencé, il est possible de prédire la résistance et la sensibilité en 10 minutes environ.
Cette technique est facilitée par l’utilisation d’appareils de séquençage dits « nanopores », pas plus volumineux qu’un smartphone. Avec eux, l'acquisition de données se fait en continu dès que l’appareil commence à séquencer. Et cette méthode permet d’effectuer une prédiction quasiment immédiatement à partir de ces premières données. Le diagnostic arrive donc très vite. En effet les séquences obtenues étant assez grandes, dès que l’on dispose de quelques morceaux suffisamment longs, on peut effectuer une bonne estimation de la résistance du pathogène.
La technique est donc prometteuse, mais elle se heurte à un obstacle de taille : elle a été validée avec le pneumocoque et le gonocoque, mais pour l’instant, elle ne peut pas être utilisée pour tous les antibiotiques et toutes les bactéries. La raison en est simple : les bases de données ne sont pas complètes. En conséquence, l’équipe de l’INRIA s’est associée avec le CHU (Centre hospitalo-universitaire) de Rennes pour connecter son expertise computationnelle aux compétences biologiques et cliniques du CHU pour cheminer vers des méthodes qui soient directement applicables dans le contexte hospitalier. Le CHU dispose en effet d’une équipe qui gère les collections du CNR (Centre national de Référence de la Résistance aux antibiotiques) pour les entérocoques. Plus généralement, la question clef reste la construction de bases de données à la fois grandes et représentatives pour les souches bactériennes. Du fait des progrès techniques, ces bases sont appelées à se développer considérablement, ce qui implique la mise au point de nouvelles méthodes computationnelles et de nouveaux outils logiciels pour obtenir un antibiogramme non seulement très rapide mais concernant la totalité ou une grande majorité des pathogènes retrouvés en pratique clinique.
Ref : Diagnostiquer plus vite la résistance aux antibiotiques. Actualités INRIA. https://www.inria.fr/fr/diagnostic-rapide-resistance-antibiotiques-bioinformatique-genscale. JIM.fr 22/07/25.