La technique NGS (Next-generation sequencing) a révolutionné le monde de la biologie moléculaire au cours de ces 10 dernières années. Cette technique a permis de séquencer des millions de génomes et exomes et l’augmentation exponentielle des publications sur ce thème est proportionnelle à la diminution du coût des analyses. Cette technique nécessite de l’ADN, issu du sang total mais elle peut également être réalisée à partir d’ADN extrait de coupes de tissus fixées ou sous paraffine. Désormais, les études se penchent également sur l’application de ces analyses avec comme matériel de l’ADN de moins bonne qualité provenant de prélèvements de médecine légale ou sur papier buvard (DBS Dried Blood Spots).

Le recueil de sang sur papier buvard est devenu une méthode de référence pour le prélèvement, l’analyse et le stockage des liquides biologiques. Depuis plus de 50 ans, les nouveau-nés de par le monde bénéficient ainsi d’un dépistage néonatal de quelques maladies rares accessibles à une prise en charge précoce, à partir de quelques gouttes de sang prélevées au talon et recueillies sur papier buvard. 

Une équipe belge à voulu savoir si, à partir du séquençage de ce matériel, il était possible de détecter des erreurs innées du métabolisme. Dans une étude préliminaire ils ont réalisé un séquençage entier des exomes à partir de DBS obtenus auprès de 15 patients souffrant de maladies métaboliques connues. 

Le séquençage a été dirigé sur 35 gènes impliqués dans les maladies ciblées dans le dépistage néonatal en Belgique francophone et 74 autres gènes impliqués dans des maladies ciblées (ou envisagées comme devant l’être) par d’autres programmes de dépistage. La quantité et la qualité de l’ADN extrait des DBS sont apparues suffisantes pour rechercher des mutations par NGS. 

 

 

En effet toutes les mutations pathologiques ont été trouvées, qu’elles soient homozygotes ou hétérozygotes, alors que la couverture des différents exons pour chaque gène fluctuait beaucoup, certaines régions n’étaient pas couvertes et les auteurs ont eu des difficultés à identifier des insertions et/ou délétions. La résolution de ce problème passera par le séquençage de tout le génome (Whole Genome Sequencing) plutôt que le séquençage des exomes seuls (Whole Exome Sequencing).

Actuellement le coût du séquençage massif reste disproportionné comparé à l’approche par spectrométrie de masse. 

De plus, les parents doivent être informés des limites du dépistage, ce qu’il est possible de détecter et ce qui ne l’est pas. Des infrastructures doivent être adaptées pour les soins, l’éducation et le suivi de ces enfants. 

Finalement, l’émergence du NGS remet en question le dogme du dépistage néonatal. 

Cette avancée scientifique ne pose pas de problèmes techniques insurmontables mais elle suscite un débat clinique, politique, économique, sociétal et éthique afin de s’adapter aux nouveaux diagnostics posés.  

 

 

Ref : Boemer F et coll. : A next-generation newborn screening pilot study: NGS on dried blood spots detects causal mutations in patients with inherited metabolic diseases. Sci Rep. 2017; 7(1):17641. doi: 10.1038/s41598-017-18038-x.

 

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